Kehidupan kampus tidak melulu tentang menuntut ilmu, karena selain mengembangkan ilmu di FKM UI, mahasiswa dapat mengembangkan potensi diri, bakat, minat, serta kreativitas dengan mengikuti berbagai organisasi kemahasiswaan. Diharapkan dari berbagai aktivitas yang bersifat ekstrakurikuler tadi mahasiswa dapat menjadi sumber daya yang tak hanya menguasai bidang keilmuan, tapi juga memahami dan mampu mengaplikasikan keahlian berorganisasi dan manajerial.

Organisasi

Organisasi kemahasiswaan yang berada di lingkungan FKM UI adalah:

1. Majelis Perwakilan Mahasiswa (MPM)
2. Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM)
3. BSO Nuansa Persaudaraan Islami (Nurani)
4. BSO Bursa Mahasiswa
5. Sminat Persekutuan Oikumene Sivitas Akademika (POSA)
6. Sminat Teater Trotoar
7. Sminat Pasatwa

Selain itu masih terdapat pula organisasi-organisasi yang berbasis keilmuan di tiap departemen seperti OHSC, yang merupakan organisasi mahasiswa Departemen Keselamatan dan Kesehatan Kerja. Adapula HME, Himpunan Mahasiswa Ekstensi

Fasilitas

Untuk memudahkan mahasiswa melakukan kegiatan kemahasiswaan, FKM UI menyediakan sarana dan prasarana sebagai berikut:

1. Balai Kegiatan Mahasiswa, yang merupakan pusat kegiatan kemahasiswaan. Didalamnya terdapat sekretariat BEM dan MPM FKM UI, dan dapat digunakan untuk menyelenggarakan seminar maupun workshop.
2. Lapangan olahraga
3. Laboratorium komputer
4. Mushalla
5. Perpustakaan
6. Mading